凝膠色譜法又叫凝膠色譜技術，又稱分子排阻色譜法，其分離物質的原理為分子篩原理,且多用于分離有機大分子化合物,如蛋白質、多肽、多糖等。
凝膠色譜與凝膠層析基本上是一致的只是固定相存在差異。凝膠層析又稱分子篩過濾、排阻層析，操作條件比較溫和，可在相當廣的溫度范圍下進行，并且對分離成分理化性質的保持有獨到之處。兩者的共同點是都不需要有機溶劑。凝膠色譜色譜一般用在HPLC等分析場合。而凝膠層析一般用在制備的時候。
凝膠色譜法和電泳的區別是什么？
凝膠色譜法又稱分子排阻色譜法。分離依據是目的物分子量的大小。主要用于高聚物的相對分子質量分級分析以及相對分子質量分布測試。形象來說更像是“分子篩”。大分子物質先流出，小分子物質后流出。
凝膠電泳的原理比較簡單。當一種分子被放置在電場當中時，它們就會以一定的速度移向適當的電極，這種電泳分子在電場作用下的遷移速度，叫做電泳的遷移率。它同電場的強度和電泳分子本身所攜帶的凈電荷數成正比。也就是說，電場強度越大、電泳分子所攜帶的凈電荷數量越多，其遷移的速度也就越快，反之則較慢。由于在電泳中使用了一種無反應活性的穩定的支持介質，如瓊脂糖凝膠和聚丙烯酰胺膠等，從而降低了對流運動，故電泳的遷移率又是同分子的摩擦系數成反比的。已知摩擦系數是分子的大小、極性及介質粘度的函數，因此根據分子大小的不同、構成或形狀的差異，以及所帶的凈電荷的多少，便可以通過電泳將蛋白質或核酸分子混合物中的各種成分彼此分離開來。形象來說更像是“馬拉松”。不過影響因素不僅僅是分子量了。
